양파는 산성토양에 심겨질 경우, 구(球)자람이 불량해지기 때문에 토양산도를 pH6.3~7.3범위가 되도록 조절해야 하는데, 이를 위해서 퇴비와 석회를 정식전 1~2주전에, 비료와 토양 살충제는 2~3일전에 뿌려서 골 작업을 한 다음 제초제를 뿌리고 비닐을 피복해야 한다. 양파는 비료의 효과가 큰 편에 속하는 작물이기 때문에 토양의 성질과 유기질 함량 등에 따라 비료주는 양이 달라지기 때문에 토양검정을 통한 추천량을 주되, 일반적으로 기준량(질소-인산-칼리=24-7.7-15.4kg/10a)을 참고로 하여 토양의 비옥도, 재배조건 및 재배목적에 따라 조절하는 것이 무리가 없는데, 밑거름은 질소는 3분의 1, 인산은 전량, 칼리는 40%를 주고, 나머지는 웃거름으로 주면 된다.
양파 정식에 알맞은 묘는 육묘기간 45~55일, 줄기 굵기 6~7.5mm, 키 25~30cm, 엽수 4매 정도로 병에 걸리지 않고, 웃자라지 않은 묘가 좋다. 최근에는 비닐 멀칭을 하고 있어 지온 상승과 토양습도 유지로 겨울이 오기 전에 너무 웃자라는 경향이 있는데, 이럴 경우, 다음해 분구(양파 구가 쪼개지는 현상)나 추대(단기간에 꽃대가 올라오는 현상)의 위험성이 높아진다. 따라서 너무 큰 묘나 엽수가 많은 묘, 또는 밑둥치가 굵은 불량한 묘는 심지 않는 것이 좋다.
가을에 재배하는 양파의 정식시기는 기온이 낮아진 후 늦게 심으면 뿌리 발육이 충분하지 못해 월동 중 동해나 건조피해를 받기 쉽고, 적기보다 빨리 심으면 월동전 생육이 과도하게 되어 분구나 추대의 위험이 따르기 때문에 정식 시기 선택은 매우 중요하다. 보통 정식시기는 남부보다는 내륙, 만생종보다는 조생종, 멀칭재배보다 무멀칭재배가 빨리해야 하는데, 남부 내륙지방의 경우, 10월 하순~11월 상순이 적기라고 할 수 있다